২০১২ সালের ৩০শে জুন মিশরের প্রেসিডেন্ট হিসেবে শপথ নেন।
মিশরের নির্বাচন কমিশন ২০১২ সালের ২৪ জুন রবিবার মুরসীকে প্রেসিডেন্ট ঘোষণা করে। তার প্রাপ্ত ভোট ছিলো ৫১.৭% তার বিপরীতে আহমাদ শফীক পান ৪৮.৩% ।
ডাঃমুরসির বিরুদ্ধে আনা রাষ্ট্রদ্রোহ মামলার শুনানি কালে তিনি বিচারকের কাছে কথা বলার সময় চান। তখন তিনি ছিলেন হাস্যোজ্জ্বল। ২৫ মিনিট এক নাগাড়ে কথা বলেছেন মিশরের মাটি ও মানুষের জন্য তার ও তার দলের অবদান নিয়ে। ২৫ মিনিটের মাথায় দেখা গেলো তিনি একটু থেমে গেছেন। অমনি পড়ে গেলেন। এবং এইভাবেই তিনি বিদায় নিয়েছেন। আল্লাহ তাকে ক্ষমা করুন ও জান্নাত দান করুন।
১৭ই জুন ২০১৯ সোমবার সারা বিশ্বের পরিচিত এবং গত সাত আট বছরে সবচেয়ে আলোচিত ব্যক্তিত্ব ডঃমুহাম্মাদ মুরসী ঈসা আল আইয়াত কারান্তরীন অবস্থায় এবং কোর্টে তার বিরুদ্ধে আনা রাষ্ট্রদ্রোহ মামলার শুনানি অবস্থায় ইন্তেকাল করেন।
