বিভক্তি ও প্রত্যয়ের পার্থক্য নিচে দেওয়া হল:
১. যে বর্ণ অথবা বর্ণসমষ্টি কোন শব্দ অথবা ধাতুর পরে যুক্ত হয়ে গঠন করে নতুন শব্দ তাকে প্রত্যয় বলে। যেমন: নাচ্ + অন = নাচন। এখানে ‘নাচ’ ধাতুর সাথে ‘অন’ প্রত্যয় যোগে ‘নাচন’। কাজেই ‘অন’এখানে প্রত্যয়। বাক্যের বিভিন্ন শব্দের সঙ্গে অন্বয় সাধনের জন্য নামপদ বা ক্রিয়াপদের সাথে যেসব বর্ণ বা বর্ণসমষ্টি যুক্ত হয় তাকে বিভক্তি বলে। যেমন : কাজলকে বাড়িতে দেখেছি। এখানে কাজলের সাথে ‘কে’ যুক্ত হয়ে ‘কাজলকে’ এবং বাড়ির সাথে ‘তে’ যুক্ত হয়ে ‘বাড়িতে’ হয়েছে। কাজেই ‘কে’ এবং ‘তে’ এখানে বিভক্তি।
২. ধাতু বা শব্দের পরে প্রত্যয় যোগে যে নতুন শব্দ গঠিত হয় তাকে সাধিত শব্দ বলে। সাধিত শব্দের সাথে বিভক্তি যোগ হলে সাধিত শব্দটি পদে পরিণত হয়। অর্থাৎ প্রত্যয়-সাধিত শব্দ কেবলমাত্র বিভক্তি যুক্ত হলেই বাক্যে ব্যবহৃত হতে পারে।
৩. প্রত্যয়ের নিজস্ব কোন অর্থ নেই। বিভক্তিরও নিজস্ব কোন অর্থ নেই, শুধু বর্ণ বা বর্ণ সমষ্টি তথা চিহ্ন মাত্র। যেমন: এ, য়, তে, কে, রে, র ইত্যাদি।